幽灵学院的故事发生在大约二十年前，这个故事是我和小熊的老师将给我们听的。
那年他在这所女子高中教授物理，因为是女子高中，所以学校中的男老师不住在教学楼中，而是教学楼后面的三层小楼。
那一年这所学校发生了令其关校的大事——学生被杀。
女子高中是一所封闭的学校，因为这所学校的升学率一直很高，所以很多家长都愿意让家中的女孩子来这边学习，既能考到好学校，又能防止早恋，你说这所学校是不是最好的选择。
可能每所学校都会有一些神秘怪谈吧，这所学校也有，这所学校流传的便是六楼女厕所闹鬼事件。
而这个故事有关系的人物便是这所学校高二住在604寝室的学生和学校的三位老师。
小光是高二才转来学校的学生，小衫胆子非常小但又喜欢鬼故事，所以在小光刚来到学校没多久就听说了女厕所闹鬼的事情，而真正令604的学生下定决心调查的原因便是小卓在晚上上厕所的时候看到了鬼影。
因为学生反应宿舍晚上有鬼，所以学校让老师两人一组轮换着每日来查寝。
胆大的小北在闹鬼的那间厕所中发现上方的水箱中藏着一个笔记本，是一本日记，翻开后发现这是一本禁忌日记，因为日记的主人记录的是她与老师的恋爱。
日记没有署名，看不出是谁的，也没有写年份无法判断是那一届的学生，但根据日记中的描述，恋爱的女孩是一个漂亮的长发女孩，而那位老师却是一位有家室的男老师。
这本日记用防水塑料包裹，看起来应该放了很久，所以我们将高一高二的学生排除，那么日记的主人极有可能是高三的学生或者是毕业生。
能在六楼的水箱中藏日记，那可以将范围定为曾经住在六楼的女生，那既然没有头绪他们便去到学生档案室去查查这几年是否有发生过什么事情。
在档案室中的报纸中找到了三年前六楼女生跳楼的事件，在大家都认为自杀的女生就是日记主人的时候，我们找到了那女孩的资料，女孩的作业中的字迹与日记本完全不同，更重要的一点是，跳楼的女孩是一个短发的有一米七身高的女孩，而日记的主人却并不高。
虽然没有找到日记的主人，但这件事肯定与跳楼的女孩有关系，我们在调查了所有资料之后发现居然转校来的小光就是自杀的女孩的妹妹，而她来这里就是想知道是谁杀害了她的姐姐。
大家都问小光为什么那么肯定她姐姐是被谋杀的，那是因为她姐姐在死的前五分钟刚刚与她通过电话，还在电话中约着周末她生日的时候回家吃饭的事情。
既然小光姐姐是被谋杀，那么杀她的人会不会是这本日记的主人呢？
日记主人并不好找，那么他们先从那位出轨的老师找起，学校这么多年，除了今年才来实习的老师外，就只有2位男老师，而那两位男老师也都结婚有孩子了。
不过，既然做过就会留下痕迹，他们在教师办公室中朱老师的书桌上找到了女孩送他的手工书签，也许朱老师都不记得了，这是一个帮着蓝色丝带的普通金属书签，看起来并不起眼，但小北根据日记中的记录在书签的尾部看到了女孩刻下的两人名字的缩写s&z。
既然知道了他们便去找朱老师，但没想到朱老师居然在他们调查的这一天从六楼被人推了出去。
整个故事进入到了一个死角，只能找到那位早恋的同学也就能解决杀人事件。
他们又去找小光姐姐的资料发现了一个新的人物，小光姐姐的好朋友徐梦，而徐梦就是今年来学校实习的女老师。
他们去找徐梦的资料时翻出了三年前的那件事。
学校的朱老师非常喜欢跟女同学亲