甘宁降了孙仲，孙仲任命其为副将。甘宁被擒的兄弟，愿留的留，不愿留的发给路费遣散回家。
反正现在孙仲有的是钱。
孙仲知道刘表迟早要来打穰城。他先派人贴出告示，询问穰城的百姓愿不愿意跟着自己走。穰城的百姓纷纷皆说，已经跟着你黄巾贼杀官拒捕了，不跟着你走哪有活路。
于是穰城三万余百姓全部加入了黄巾军。
别看有三万多人，这里面老的老，小的小，行动起来是十分缓慢的，顶多算个组团逃难。历史上黄巾军为什么动辄号称百万，却打不过数万官军，就是因为黄巾军中多是老弱，行动不便。你想打别人，别人一溜烟跑了，你追不上；别人想打你，扶老携幼，拖家带口，怎么走得脱？那就只有挨打的份了。
但是，你还不能不带这些百姓。因为他们都是黄巾军战士的家眷。将他们留下，那就是留在了官军的屠刀之下，黄巾军战士能答应吗？
孙仲必须想个两全其美的办法，解决这个大难题。不然迟早还是要被官军消灭。
历史上有没有哪一支军队拖家带口还能打胜仗？
有！
蒙古军队。蒙古军队何止是拖家带口，那是连所有的家当都带着一起走，还能打胜仗。
于是孙仲开始模仿蒙古军队的编制整编手中的三万人马。
首先将三万余人中十六至二十五岁的男性全部编成军队，得三千人。三千人编成编成左中右前后五个军，统称为前卫军。每个军设置一名都尉、一名司马、一名侍中。都尉负责指挥作战，司马负责整顿军纪，侍中负责提拔有功将士。
家眷则十户任命一名十户长，百户任命一名百户长，千户任命一名千户长，负责理民。
另外在民户之中又将二十五岁以上，三十五岁以下的男性挑出来，约莫四千余人，编成左中右前后五个军，统称为中卫军，每军也设都尉、司马和侍中，平时为民，战时为军，主要负责协助前卫军作战与家眷的安全。
再另外将三十五岁以前，五十岁以下的男性挑出来，约莫两千余人，也编成左中右前后五个军，统称为后卫军，每军也设都尉、司马和侍中，平时为民，战时为军，主要负责家眷的安全与治安，万不得已时，也会上阵前厮杀。
对于这种整编人马，甘宁还是第一次见到，他细细琢磨了孙仲这般整编人马的用心之后，几乎是将这三万人编成了一个整体，无论平时战时，都能做到如臂使指般的指挥。他不得不佩服孙仲果然是一个有雄才伟略的头领。可是甘宁哪里晓得孙仲这是“剽窃”了后世前期蒙古军队的军制。
这日，探马来报，大量的官军进驻樊城，似有攻打穰城之意。
此时此刻孙仲已经将穰城的军马整编完毕，自己又同甘宁将他操练了十余日，他正想检验检验，自己这支新黄巾军的作战实力到底如何。
果不其然，三日后，探马又报，樊城的官军分成东南西三路，向穰城杀了过来。
孙仲问探马兄弟道：“这三路统兵大将是谁？”
探马报道：“东路官军主将的大纛旗上书着一个‘黄’字。”
一旁的甘宁道：“那这大将不是黄忠便是黄祖。”
探马又报道：“南路官军的大纛旗上也书着一个‘黄’字。”
孙仲道：“这一路应该是黄祖。”
甘宁问道：“头领为何这般笃定这南路的敌将是黄祖？”
孙仲道：“黄祖在刘表麾下的实力远远大于黄忠，而这南路才是刘表最为担心的一路，因为这一路关系着樊城的安危，刘表一定会派自己的心腹黄祖当这一路