在燕京律颁布的同时，元起还在人事方面做出了一定的调整。他把镇守在扶余的魏延、镇守在高句丽的张龙调了回来，为出征辛蛮和刺塔做准备。和张龙一起镇守在高句丽的邓芝，被元起任命为高句丽郡太守，总揽高句丽的事务，同时，元起还正式任命陈群为扶余太守，让他负责扶余的事务以及油田的事情，元起还把夏侯若派到了扶余，负责帮助陈群对油田进行开发，并同时接替魏延的职责，负责保护油田的一切机密，防止其他诸侯的探秘。
崔守的光州牧和公孙入云的护军将军之职不变，共同负责光州的军政大事，而原来崔守的并州牧长史之职，则由崔守力荐的张既担任，而公孙入云原来的辽西太守职务，则是由他的胞弟公孙越担任。
随同张既一起赶赴并州的，还有齐天的部将宇宫性，他将接替高顺的职位，负责统率并州的军士。至于高顺，这可是一位练兵的大家，元起可没有理由一直把他仍在并州，让高顺回到燕京负责训练军士。才是高顺最能发挥其才能的地方。
对人事进行调整之后，元起又在大都督府内，成立了一个军事府，其成员仅有寥寥数人，分别是诸葛亮、贾愿、荀略、李儒、鲁肃、徐庶和陈宫。这几个人在负责本职工作的同时，还要担负起军事府的职责。在和平的时期负责对军备物资的验查，在战时则是负责制定作战计划，为元起出谋划策，并且一应军马调动，必需要经过他们的同意。为此，元起特意让王冶子和马均制造出两百多块大小不一的虎符，虎符上刻着一个“燕”字，每次军士的调动，带兵的将军必需要和军事府的几位对应手中的虎符。之后才能完成调动。调动完毕之后，带兵的将军要立刻回军事府交割虎符。经过军事府验收人马无误之后。才能交割伏虎和兵马。
在军事府成立的同时，元起还成立了一个政务府，和军事府遥遥相对，分处大都督府内的东西两侧。与军事府一样，政务府的成员也不多，只有元鹰、元和、顾雍、蒋琬、董和、杜畿、阎乙七人。元鹰虽然有些老迈了。但是他却不肯服老，每天忙东忙西的，元起干脆让治政相当有一手的父亲再度出山，为自己打理政务。至于元起的大哥元和。是最近才返回燕京的，他是奉了元协的旨意，回到幽州来帮助元起的，和他一起来的，还有同样进入政务府的杜畿。元协知道元起刚刚打下了光州，手上的人手一定不够用，就让元和还有杜畿前来帮元起的忙。
政务府的几人，除了元鹰、元和以及杜畿之外，其他几人也都是有着自己的本职工作，甚至元和跟杜畿，也被元起分别任命为典农中郎和典金中郎，分别负责农务和金属的管理工作。至于政务府的职责，则是负责协调配发二十四万大军的一应粮饷、军备等物资。在战时，则是负责筹措粮草，把粮草交给负责押送的将军，再送往前线的战场。
军事府和政务府的成立，等于把军政大权全部攥到了元起一个人的手里。通过军事府的七个人，元起可以轻而易举的掌控麾下二十四万大军的一举一动，在通过政务府的七个人，元起等于是捏住了大军粮草和军备物资的命脉。军事府有调动兵马的权力，但是手里却没有兵马；直接带兵的将军手里有兵马，但却没有调动的权力，同时也没有粮草；政务府手里有钱有粮，但是却不能调动军队。相互之间形成一个完美的制约，组成了一个链条，有效的防止了日后出现兵变的可能性。
在元起麾下，所有的将士和谋臣，可以说都是赤胆忠心之人，但是元起也知道，自己的势力早晚是要扩张的，届时势必会有大量的人才加入到自己的麾下，元起可不敢保证以后加入进来的人，都是现在麾下这样的忠诚之士，人一多，难免会龙蛇混杂，为了杜绝屡见不鲜的兵变事件，元起提前成立军事府和政务府，也算是防患于未然了。